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本番組は、38年間にわたって「歴史と遊ぶ」をテーマに世界のあらゆる“ふしぎ”を、ミステリーハンターたちが世界を旅し、クイズとトークで解き明かしてきた。今年春にレギュラー放送は終了したが、この秋、スペシャル番組としてパワーアップして帰ってくる。クイズマスターの草野仁、MCの石井亮次、レギュラー解答者の黒柳徹子、野々村真らお馴染みの出演者に加え、菅野美穂やカズレーザーといった豪華ゲストを招いて、再び“ふしぎ”の世界に飛び出す。

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南米6か国を流れ、世界最大の流域面積と広大な熱帯雨林が広がり、長年、高度な古代文明は存在しないと考えられてきたアマゾン。しかし、アマゾン川上流で近年謎の遺跡が発見された。世界中の考古学者が注目しているその遺跡は、アマゾン地域で見つかった最も古いと考えられる人工的な遺跡で、これまでの説を覆す世紀の大発見になる可能性を秘めているという。その発掘プロジェクトに、今回特別に『ふしぎ発見』チームが取材に潜入。独特の信仰と高度な技術があったことがうかがえる出土品の数々。南米にも高度な古代文明が存在したことが証明されればまさに教科書が書き変えられるレベルの大発見だが・・・! 人類の歴史を覆す可能性を秘めた発掘調査に密着する!
そして、南米ペルーでも歴史的大発見が!なんと地球史上最も重い可能性がある「超巨大生物」の化石が発見されたのだ。取材によれば、約4000万年前の地層から発見されたというその化石は、体長15~30m、体重150~300トンと推定される。骨の化石から、巨大生物の姿を復元した3D映像を日本初公開!果たして、その巨大生物はいったいどんな生き物なのか!?

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エジプト伝説の3大ミステリーと言われている、ピラミッド・スフィンクス・ツタンカーメン。その中でも、これまで本番組が長年追い掛けてきたのが、いまだ多くの謎に包まれている「ツタンカーメン王と死の真相」だ。そして、そのミステリーの謎を解く大きな鍵となるのが、寵愛していたという「ツタンカーメンの王妃」だ。近年、その調査に大きな転機が訪れた。200体のミイラが眠る未開封の棺が発見され、その棺の側から「ツタンカーメン王」を表す文字が刻まれた指輪が見つかったのだ。世界中の考古学者が長年探し続けてきたにもかかわらず、遺体が見つかっていない“幻の王妃”アンケセナーメン。今回の棺がそうであれば世紀の大発見となるが・・・。
長年エジプトと深いつながりのある本番組は、見つかった未開封ミイラの開封作業に独占密着。「ツタンカーメン王」のミイラとの共通点も見つかり、「ツタンカーメン王妃」のミイラである可能性が高まっていくが、果たして“世界初公開”となるミイラの正体は・・・!?世紀の大発見になるのか!?